存貨在發生盤虧或者毀損時要注意增值稅進項稅額的轉出，因非正常原因導致的存貨盤虧或毀損，按規定不能抵扣的增值稅進項稅額應當予以轉出；自然災害造成外購存貨的毀損，其進項稅額可以抵扣不需要轉出。

二、存貨期末計價：是指企業在會計期末(通常指年末)編制資產負債表時，存貨按何種價值列示。存貨在期末的計價方法一般有三種，即成本法、市價法、成本與市價孰低法。 1、成本法，是指按照期末結存存貨的實際采購成本或制造成本在資產負債表上列示。這種方法的優點是簡便易行，并保證會計信息的可靠性：缺點是當存貨市價下跌時，會導致資產虛增，不符合會計的謹慎原則。
2、市價法，是指按照期末結存存貨的市場價格在資產負債表上列示。這種方法的優點是可以反映存貨的實際價值，有助于提高會計信息的有用性；缺點是收集市價資料的工作量過大，不便于實際操作，當存貨市價升高時，還會導致當期利潤虛增。
3、成本與市價孰低法，是指在會計期末通過比較存貨的成本與市價，取兩者中較低的一個作為存貨計價基礎，即當存貨成本低于市價時，按成本計價；當市價低于成本時，按市價計價。這里的成本指的是存貨購入或生產時的實際成本，即存貨的賬面價值。與成本相比較的市價，并不是一般意義上的市場銷售價格，它在不同國家有不同的規定，一般多采用重置成本和可變現凈值。其中，重置成本是指在現有條件下重新購買相同存貨而應支付的全部費用，可變現凈值是指在企業日常的生產經營活動中，以存貨估計售價減去至完工時估計將要發生的成本、估計的銷售費用以及相關稅費后的金額。我國《企業會計準則第1號——存貨》規定，在資產負債表日，存貨應當按照成本與可變現凈值孰低計價。

存貨在發生盤虧或者毀損時要注意增值稅進項稅額的轉出，因非正常原因導致的存貨盤虧或毀損，按規定不能抵扣的增值稅進項稅額應當予以轉出；自然災害造成外購存貨的毀損，其進項稅額可以抵扣不需要轉出。